Dengan adanya orientasi pendidikan masa depan pada kesiapan Sumber Daya Manusia (SDM) yang kompetitif taraf internasional dan kehendak masyarakat akan adanya pesantren dalam lingkungan sekolah (SMPYa BAKII 1) serta perlunya mengembangkan ilmu-ilmu dasar Matematika, IPA, Seni dan Olahraga (MIPA SENIOR), maka system pendidikan Kelas Unggulan mengacu pada pola pesantren yang dikemas dengan model Manajemen Berbasis Sekolah (MBS). System ini diformat untuk pengembangan dan peningkatan kecerdasan intelektual, kecerdasan emosional, kecerdasan religuis dan kecerdasan ketrampilan/skill.